Новая, яркая, но вместе с тем, и непростая страница жизни ледокола началась в 1989 г. с момента его передачи на баланс Международного фонда истории и науки. Ледокол успел совершить несколько коммерческих рейсов с заходом в ряд европейских портов и экскурсиями от президента фонда А.И.Мелуа для иностранных посетителей.

Однако фондовых средств оказалось недостаточно для содержания «огромной и мощной машины», и в 1990 г. остро встал вопрос о продаже ледокола на металлолом. Общими усилиями протестов экипажа и неравнодушной общественности начинаются поиски сохранения «Красина». Решение находится – 14 июня 1991 года Фонд продал ледокол за 5 миллионов рублей совместному советско-немецкому предприятию «ТЕХИМЕКС». Но и тут не обходится без казусов – предприятие неофициально переименовывало ледокол в «Святогор» и уже 16 июля подписывало документ о передаче судна сроком на 10 лет в бербоут-чартер Внешнеэкономической ассоциации «Меркурий» с транспортировкой в США. В этот раз терпению экипажа пришёл конец, и были направлены письма к президенту Российской Федерации Б.Н.Ельцину и мэру Санкт-Петербурга А.А.Собчаку.

Немаловажную роль в сохранении исторического судна сыграло открытие на борту первой выставки, посвященной находкам Морской арктической комплексной экспедиции на островах архипелага Земля Франца-Иосифа, которое привлекло внимание горожан. В этом же году был создан и Комитет защиты «Красина». В ноябре ледокол перевели в Кронштадт на территорию военно-морской базы и вернули историческое название – «Красин».

Благодаря постановлению Правительства Российской Федерации о признании «Красина» памятником истории государственного значения, дату 20 февраля 1992 г. можно считать датой начала музеефикации ледокола.

30 июля было издано распоряжение мэра о приёме судна в государственную собственность города Санкт-Петербурга, 15 августа на основе постановления Совета министров № 850 ледокол начал свою работу в качестве музея, а 26 августа ледоколу было выдано охранное свидетельство. В период 1995–1999 гг. «Красин» проходил комплексный ремонт, включавший доковые работы на Канонерском заводе. После завершения которых в мае 1999 г. ледокол на набережной Лейтенанта Шмидта напротив Горного института.

С 2001 г. стали подниматься вопросы закрепления «Красина» за федеральным государственным учреждением Министерства культуры. Так 30 ноября Комитет по управлению госимуществом Санкт-Петербурга отправил запрос к Минимуществу России. 18 мая 2002 года Минумуществу России поступило предложение от Министерства культуры передать ледокол-музей Музею Мирового океана. Через полгода, в январе 2003 года, на борту ледокола было организовано заседание рабочей группы по созданию музейных экспозиций.

2004 г. стал для «Красина» судьбоносным – 12 февраля ледокол стал филиалом Музея Мирового океана.  В 2006 г. на борту открылось сразу 4 экспозиционных помещения: каюта капитана, каюта начальника экспедиции, штурманская и салон команды. Двумя годами позже открылась и основная экспозиция – «Страницы истории».

Сегодня ледокол «Красин» – это уникальные «живой» музей, единственный в России сохранившийся корабль-участник арктических сражений Второй мировой войны, сохраняющий класс Российского Морского регистра судоходства. Музейная экспозиция раскрывает историю корабля, в то же время сам корабль – памятник истории и техники.